Đột biến trung tính là một thuật ngữ thuộc lĩnh vực di truyền học phân tử, trong tiếng Anh là "neutral mutation" (phát âm IPA: /ˈnutrəl mjuˈteɪʃən/) dùng để chỉ loại đột biến gen không có lợi hoặc chẳng gây hại gì đến khả năng sống sót, phát triển và sinh sản của một sinh vật.

Loại đột biến này có thể là:

• Một dạng đột biến gen mà biểu hiện kiểu hình của nó ở thể đột biến không dẫn đến thay đổi giá trị thích nghi hoặc không có bất kì ảnh hưởng đáng kể nào cho sự tồn tại, phát triển và sinh sản của sinh vật mang đột biến đó trong điều kiện môi trường hiện tại. Trong các dạng đột biến điểm, thì dạng đột biến sai nghĩa vẫn có thể là đột biến trung tính, nếu amino acid thay thế có chức năng tương tự như amino acid ban đầu.[6]
• Một dạng đột biến gen mà không biểu hiện ra kiểu hình, nghĩa là dạng đột biến không có hiệu ứng kiểu hình (phenotypic effectc), nên không nhận thấy hoặc không thể đo lường được theo các phương pháp thông thường, chẳng hạn như đột biến câm (hình 1).[4][7]